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求职意向：Forward Deployed Engineer · Protein Design Engineering · 高级科学家 · 2025–2026

乔淦
Gan Qiao

药理学博士 / 江南大学博士后。双栖能力：AI 蛋白质设计全流程工程交付 × 药理科研闭环——独立带队完成"扩散生成 → 序列/分子设计 → 复合物结构验证 → 评分优选 → 可采购交付"全链路，产出 2,000+ binder 设计（第一发明人授权专利），参与发表 Nature Communications 2025（IF 15.7）。兼具项目领导力（带队 2026 上海计算生物学创新大赛、指导本科生省级获奖、主持 6 项科研基金）与工程化能力（Multi-GPU 管线、Docker/Conda 部署、FastAPI 服务化、Vue3 前端）。累计 SCI 40+ 篇（一作/通讯 9 篇），参与国家自然科学基金面上项目。

2,000+ binder 设计 · 全流程交付
40+ SCI 论文 · 一作/通讯 9 篇
6 主持基金 · 含省科技厅
3 授权专利 · 中美
01

核心能力矩阵

★ 蛋白质设计工程（全流程交付）
BoltzDesign1 · LigandMPNN · AlphaFold2/3 · BindCraft · RFdiffusion · ESM · Rosetta
扩散生成 → 序列设计 → 结构验证 → 界面能评分 → 2,000+ binder 交付 · 第一发明人专利 · Nat Commun 发表
★ 小分子 AIDD & 虚拟筛选
FLOWR.root · PocketXMol · MolMIM · Vina-GPU · RDKit · xTB · Boltz-2
变构口袋识别 → 777 万库分子预过滤 → 四构象 ensemble docking → TITAN 可采购映射 · 100 候选提交
⚡ 工程化 & 部署（FDE 能力）
PyTorch · Multi-GPU · Docker / Conda · FastAPI · Vue3 · COBRApy ecFBA
自主开发逆向酶设计平台（0→1）· 10,000+ 序列 GPU 批处理管线 · 服务化部署 · 7 批次并行扩散生成
⚡ 科研闭环 & 多组学验证
BLISS (PWAS) · DESeq2 · TwoSampleMR · LC-MS/MS · SPR · CRISPR/siRNA
大规模 PWAS 多祖先因果推断 · 靶点发现 → 机制验证 → 高质量发表 · 40+ SCI（一作/通讯 9 篇）
PyTorch Multi-GPU Docker FastAPI Vue3 RDKit Vina-GPU PocketXMol BoltzDesign1 AlphaFold2/3 R / Bioconductor Conda LC-MS/MS SPR CRISPR / siRNA
02

代表项目

▸ 按"领导力 × 交付闭环 × 影响力"排序
01
BoltzDesign1 · LigandMPNN · AlphaFold3 · Rosetta · 第一发明人专利 · Nat Commun
多靶点结合蛋白 AI 设计平台 → 专利 + Nature Communications
独立交付全链路：扩散生成 → 序列多样化 → 复合物结构验证 → 界面能评分。2,000+ binder 设计，第一发明人授权专利，参与发表 Nat Commun 2025（IF 15.7）。从设计到验证到 IP 产出的完整闭环。
2,000+ 设计 第一发明人专利 Nat Commun · IF 15.7
★ 全流程独立交付 · 专利转化 · 高影响力发表
02
2026 上海计算生物学创新大赛 · HSV Pol · 团队负责人
HSV Pol 广谱非核苷抑制剂 AI 发现（带队参赛）
团队领导：带队 3 名本科生（赵鑫玥/林廷洁/侯彦君），构建"生成式设计指引 + 官方库实筛"三线融合管线。变构口袋识别 → 777 万库分子预过滤 → 四构象 Vina-GPU ensemble docking → TITAN 可采购映射 → 提交 100 个排序候选。对齐湿实验评价逻辑（TSA ΔTm≥2℃ → IC50 → 三突变体耐药）。
SICBC 2026 100 库内候选 抗耐药 ensemble 带队 3 人
★ 团队领导 · GPU 并行对接 · 可采购交付
03
梯度优化 · PyTorch · A100 GPU · 自主开发 0→1
逆向酶设计平台（自主开发，从 0 到 1）
平台工程化：自主开发梯度下降逆向酶设计平台，三阶段优化（探索→退火→精炼），催化位点约束集成。单次运行多条候选序列，催化效率预测显著提升。体现独立算法设计与平台搭建能力。
自主开发 0→1 三阶段优化 高验证通过率
★ 算法设计 · GPU 集群自动化 · 平台工程化
04
蛋白语言模型 · GPU 集群 · 10,000+ 序列 · 全管线自动化
AI 大模型驱动的酶工程全管线
工程化交付：蛋白语言模型语义检索（10,000+ 候选）→ GPU 集群批量动力学预测 → 多轮迭代优化闭环。Top-K 种子选择、chunk 化批处理、持久化缓存等工程优化。从语义检索到候选优选的完整自动化管线。
10,000+ 候选 语言模型 全管线自动化
语义检索 → 动力学预测 → 迭代优化 · 工程化交付
05
PocketXMol · Boltz-2 · RDKit · 7 批次并行 · 18,840 → 4,204
GPCR 靶点小分子 AI 从头设计
批量生成工程：基于晶体结构设定结合位点，7 批次并行扩散生成 18,840 个分子；RDKit 化学规则验证 → Lipinski 五规则 → 构象合理性打分，保留 4,204 个药样分子；Boltz-2 复合物结构预测与亲和力估算。
18,840 → 4,204 7 批次并行 Boltz-2 验证
扩散生成 · 计算化学自动化 · AI 亲和力分析
06
LC-MS/MS · SPR · CRISPR · Cells 2025 · BJP 2026 · 第一作者
药物非经典靶点发现与机制验证 → 2 篇一作 SCI
科研闭环：针对心脏保护药物"靶点悖论"，化学蛋白组学筛选 → Co-IP/SPR 验证 → CRISPR/siRNA 功能验证 → 超声心动图与外泌体分析。第一作者发表 Cells 2025 + British Journal of Pharmacology 2026（已在线）。
Cells 2025 · 一作 BJP 2026 · 一作 体内外验证
靶点发现 → 机制验证 → 高质量发表 · 实验闭环
07
BLISS · UK Biobank · 多祖先 · Proteomes 2025 · Clin Sci 2023
大规模多组学靶点发现 → 2 篇共同一作 SCI
大规模数据分析：PWAS 框架整合多祖先蛋白插补模型与大规模 GWAS 统计，系统识别心血管疾病因果蛋白候选；配套孟德尔随机化因果推断管线。产出 Proteomes 2025 + Clinical Science 2023（共同一作）。
Proteomes 2025 Clin Sci 2023 共同一作
大规模 PWAS · 因果推断 · 可重复 R 管线
03

科研项目 / 基金

▸ 主持项目（6 项，累计经费 47.5 万元）
G-1
靶向 Sortilin-Progranulin 轴调节小胶质细胞激活影响前额颞叶痴呆的分子机制研究
四川省科技厅青年项目（2023NSFSC1675）· 2023.01–2024.12 · 10 万元 · 主持
G-2
基于 Sortilin/PGRN 轴调控神经胶质细胞炎症激活的分子机制与药物设计研究
厅市共建中枢神经系统药物四川省重点实验室面上（20230004-01SZ）· 2023.01–2024.12 · 8 万元 · 主持
G-3
Morrbid 通过调节血管内皮细胞 EndMT 影响心肌纤维化作用及机制研究
泸州市科技局自由探索（2023JYJ006）· 2023.07–2025.06 · 4 万元 · 主持
G-4
重塑 PGRN-granulins 介导的溶酶体功能改善前额颞叶痴呆病变的分子机制研究
厅市共建 CNS 药物四川省重点实验室青年（200015-01SZ）· 2020.12–2022.12 · 5 万元 · 主持（已结题）
G-5
Progranulin 介导的 DNA 损伤修复在神经退行性疾病 ALS/FTD 的作用机制研究
西南医科大学校级常规（2022QN001）· 2022.11–2024.10 · 1.5 万元 · 主持
G-6
基于山楂酸与 HSF-1 相互作用下调 HSPA8 研究其与吉西他滨协同抑制胰腺癌
西南医科大学校级青年（2020ZRQNB036）· 2021.01–2022.12 · 1 万元 · 主持（已结题）
▸ 参与项目（3 项，含国家自然科学基金面上）
P-1
CircRNA-DICAR 功能片段介导 NACα 在核糖体/Ogdhl 新生肽链向线粒体迁移在糖尿病心脏病中的作用
国家自然科学基金面上项目（No.82370359）· 2024.01–2027.12 · 47 万元 · 第 3 参与人
P-2
补骨脂单体 BA 靶向调控 HIF-1α/NR4A3/SCIN 新途径促进巨核细胞分化治疗血小板减少症
四川省科技厅（2024NSFSC0711）· 2024.01–2025.12 · 20 万元 · 第 3 参与人
P-3
丁香活性组分 PEG-PLGA 纳米粒的制备及抗结肠癌活性研究
泸州市科技局重点（2020LZXNYDZ10）· 2021.01–2023.12 · 20 万元 · 第 3 参与人
04

工作经历

2025.11 — 至今
博士后 · 项目负责人
江南大学 · 轻工技术与工程博士后流动站 · 合作导师：刘立明
跨学科项目设计与技术落地：推进酶约束代谢通量分析（COBRApy ecFBA，谷氨酸棒杆菌牛磺酸生产模型系统）；探索从头酶序列生成与功能预测闭环的平台化方案；负责跨学科项目设计、团队协调与技术落地。
2019.07 — 2025.10
讲师 · PI（独立课题组长）
西南医科大学 · 药学院 药理学教研室
独立 PI 运营：主持 6 项科研基金（累计 47.5 万元），围绕心血管疾病、肿瘤、炎症与神经退行性疾病推进多项课题。主导心脏保护药物非经典机制解析（LC-MS/MS → 炎症通路验证 → 动物模型），构建多组学自动化分析管线（数据质控→差异分析→因果推断→可视化报告）。指导本科生科创竞赛获省级优胜奖，带队 2026 上海计算生物学创新大赛。年均教学 167.1 学时，2025 年个人工作量 250.10。
05

论文与专利

Researcher Profile
Web of Science 作者档案

公开成果归集、引文与作者档案的实时信息以 Web of Science Author Record 为准。

View record ↗
▸ 授权专利
P-1
一种靶向钠-葡萄糖协同转运蛋白 2 的微小结合蛋白及其构建方法、应用
ZL 2024 1 0328004.6 · 发明人：乔淦 等 · 授权日 2024
P-2
Small RNA-based drug, preparation and use thereof in prophylaxis and/or treatment of cardiomyopathy
US 12,473,551 B2 · 美国发明专利 · 第 4 发明人
P-3
一种小分子 RNA 候选药物序列优化及其在糖尿病心肌病治疗中的应用
ZL 2023 1 1589842.0 / CN 117701563 B · 中国发明专利 · 第 5 发明人
▸ 代表性论文
[1]
Qiao G, et al. Empagliflozin inhibits cardiac hypertrophy via a mechanism involving integrin signalling.
British Journal of Pharmacology, 2026 · doi: 10.1111/bph.70637 · 第一作者 · 已在线发表
[2]
Qiao G, et al. Empagliflozin Preserves Cardiomyocyte Structural Homeostasis via the Stabilization of the Integrin α5–Desmocollin-2 Adhesion Axis in Sepsis-Induced Cardiomyopathy.
Cells, 2025, 14:1452 · 第一作者 · IF 5.2
[3]
Qiao G, et al. Progranulin's Protective Mechanisms and Therapeutic Potential in Cardiovascular Disease.
Cells, 2025 · 第一作者 · IF 5.1
[4]
Li Z, Qiao G, et al. De novo designed protein guiding targeted protein degradation.
Nature Communications, 2025, 16:6598 · 第二作者 · IF 15.7
[5]
Qiao G, et al. Inhibition of Ferroptosis Delays Aging and Extends Healthspan Across Multiple Species.
Advanced Science, 2025 · 第一署名单位 · IF 14.3
[6]
Qiao G, et al. Micelle encapsulation zinc-doped copper oxide nanocomposites reverse Olaparib resistance in ovarian cancer by disrupting homologous recombination repair.
Bioengineering & Translational Medicine, 2023 · 通讯作者 · IF 10.684
[7]
Qiao G, et al. Enolase 1, a moonlighting protein, as a potential target for cancer treatment.
International Journal of Biological Sciences, 2021 · 第一作者 · IF 6.582
[8]
Ren C, Qiao G, et al. Identification of Protein Markers for Chronic Ischemic Heart Disease Through Integrated Analysis of the Human Plasma Proteome and Genome-Wide Association Data.
Proteomes, 2025, 13:55 · 第二作者
[9]
Xing J, Qiao G, et al. Ferredoxin 1 regulates granulosa cell apoptosis and autophagy in polycystic ovary syndrome.
Clinical Science, 2023, 137:453–468 · 共同第一作者 · IF 6.0
[10]
Qiao G, et al. Integrated bioinformatics analysis and screening of hub genes in polycystic ovary syndrome.
Endocrine, 2022 · 第一作者
[11]
心脏保护药物非经典心肌保护机制与新靶点发现研究
投稿准备中 · 未发表
[12]
AI 驱动候选新靶点发现与多源证据可视化研究
投稿准备中 · 未发表
[13]
其他 30+ 篇合作 SCI 论文（含 Acta Pharmaceutica Sinica B IF 14.8、Ageing Research Reviews IF 13.1、JCI Insight、Phytotherapy Research 等；海洋多肽、肿瘤药理、网络药理学、神经退行性疾病方向）
06

荣誉 / 教学 / 学生指导

▸ 荣誉与学术服务
H-1
2025 年川渝药学/中药学大学生实验技能及创新设计竞赛 · 优秀指导教师（省级优胜奖）
H-2
2025 年西南医科大学大学生创新大赛 · 优秀指导教师（校级优秀奖）
H-3
2025 年西南医科大学药学院导师考核合格（2025 级毕业生）
H-4
学术专著编委：Clove (Syzygium aromaticum) Chemistry, Functionality and Applications（Academic Press）
省部级规划教材编委：机能实验学（科学出版社，2022）
▸ 指导学生竞赛与大创
S-1
川渝药学/中药学大学生实验技能及创新设计竞赛 · 省级优胜奖（2025）
项目：基于结构的口袋条件分子生成框架 PocketXMol 的 NK2R 激动剂设计
学生：谢炳榆、曾子怡、陈川、马嘉睿 · 联合指导教师：乔淦、易东、韦思平
S-2
省级大学生创业训练计划项目（S202610632113X，2026 立项）
项目："心携宝"——AI 与硬件结合的社区心血管疾病防控解决方案 · 经费 1 万元
学生：李思雨（负责人）、詹若艺、林建宇、钟睿、叶思雨
S-3
校级大学生创新训练计划项目（2021.12–2023.08）
项目：靶向新冠状病毒 SARS-CoV-2 的双特异性单链抗体的设计与制备
▸ 教学工作
西南医科大学药学院药理学教研室讲师（2019–2025），系统讲授药理学相关课程，年均教学计划学时 167.1，2025 年个人工作量合计 250.10（含课堂教学 124.73、指导学生 16.95、教学服务 47.33、教学建设质量工程 50.10、竞赛指导 11.00）。指导本科生毕业设计、研究生课题及科创竞赛；参与药学院 2025 级毕业生导师考核。
07

教育背景

博士 · 药理学
首都医科大学
2016 – 2019
硕士 · 轻工技术与工程
青岛科技大学
2013 – 2016
学士 · 生物技术
河南城建学院
2009 – 2013